由于MES系统相当复杂，若想成功导入并发挥最佳的效益，除了系统本身需具备完整的功能之外，一套具体而实用的导入计划也非常重要。以机械所辅导厂商导入的经验为例，导入MES系统的步骤简述如下：
(一)选择MES系统
在国外有些MES系统经过了相当时期的市场历练，在功能上可说是非常齐全， 但其系统昂贵的价格对于一般中小型的产业而言是一项非常大的投资，且由于功能众多，容易造成日后维护上的困难。而MES系统功能中不适用该特定产业的部分，也必须做客制化修改。
(二)成立项目团队
为了使MES系统开发团队充分了解客制化的功能需求，在业界方面也必须有生产管理部门的同仁全程参与项目的进行，同时负责熟悉系统的管理及操作方式，以教育生产线上的其他使用者。另一个目的是希望在项目结束之后，也可以掌握部分系统维护的能力。
(三)拟定时程进度
在项目团队成立之后，双方开始进行密集的讨论，首先必须拟定时程进度。项目的进行时程规划如果为十个月，大致分段如下：第一个月为系统标准模块说明；第二个月进行客制化功能的讨论，第三个月到第五个月为客制化功能开发时期，第六个月到第七个月将系统先导上线(Pilot Run)，最后三个月则进行正式上线。
(四)MES系统标准模块说明
MES系统标准模块为整个系统的核心，所以必须先对业界的项目团队进行标准模块的说明与系统操作的教育训练，同时在项目团队的个人计算机中安装标准版试用程序，搭配操作手册练习各项系统基本功能设定。
(五)客制化系统功能讨论
有了相当程度的认识之后，再针对系统功能与业界生产方式的差异性进行比较分析，以作为客制化功能的开发依据。讨论内容包括单位的转换方式、系统参数设定方式、生产流程规划，以及与ERP系统的整合方式等。客制化功能的规划必须非常审慎，因为设计完成后再修改，不仅影响时程进度，更可能造成严重的错误。
(六)MES系统功能测试
为了验证客制化功能项目的正确性，需模拟一些生产状况在MES系统中实际执行。从生产批发料追踪到入库包装，其中包括切割作业之后执行分并批、转换生产单位、不良品退库、良品纪录验算、机台状态切换等讯息，同时测试与ERP系统整合的成效。
(七)进行使用者教育训练
每个使用MES的人员都能正确的使用并操作系统，是MES系统成功上线的重要关键因素，因此当客制化功能开发完成，需由项目团队对其他生管、品管、物管以及制造在线的每一位作业人员进行MES系统的教育训练，以达到企业管理计算机化的目的。
(八)进行系统安装与先导上线(Pilot Run)
接着安装系统，并设定工程资料与各站权限。在线作业人员一方面将生产资料登录于MES系统中，同时仍需保留流程卡与其他表单等旧有的记录方式。试行一段时间后，再针对执行状况与问题进行分析与修正。
(九)系统正式上线
经过先导上线(Pilot Run)的测试与验证，确定系统的正确性与稳定性皆达到要求，且厂内相关的系统使用人员均可熟练的使用系统之后，即可进行正式上线。
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